Leukopenie, ke které dochází při výskytu autoimunitních onemocnění, se nazývá autoimunitní leukopenie. Jedná se o stav, kdy je počet bílých krvinek v krvi výrazně snížen. K tomu obvykle dochází v důsledku špatné funkce imunitního systému. Autoimunitní onemocnění mohou vést k leukopenii, protože imunitní buňky napadají své vlastní orgány a tkáně a zaměňují je za cizí. Mezi taková onemocnění patří diabetes mellitus nebo Sjögrenův syndrom, při kterém klesá hladina bílých krvinek. Leukopenie může být také způsobena revmatoidní artritidou, Hashimotovou tyreoiditidou, Ghislaine Loefflerovým syndromem a mnoha dalšími autoimunitními chorobami.