Leukopeni, som oppstår når autoimmune sykdommer oppstår, kalles autoimmun leukopeni. Dette er en tilstand der antall hvite blodlegemer i blodet er betydelig redusert. Dette oppstår vanligvis som et resultat av en funksjonsfeil i immunsystemet. Autoimmune sykdommer kan føre til leukopeni, da immunceller angriper sine egne organer og vev og forveksler dem med fremmede. Blant slike sykdommer er diabetes mellitus eller Sjögrens syndrom, hvor nivået av hvite blodlegemer synker. Leukopeni kan også være forårsaket av revmatoid artritt, Hashimotos tyreoiditt, Ghislaine Loefflers syndrom og mange andre autoimmune sykdommer.