Otoimmün xəstəliklər meydana gəldikdə baş verən leykopeniya otoimmün leykopeniya adlanır. Bu, qanda ağ qan hüceyrələrinin sayının əhəmiyyətli dərəcədə azaldığı bir vəziyyətdir. Bu, adətən immunitet sisteminin nasazlığı nəticəsində baş verir. Otoimmün xəstəliklər leykopeniyaya səbəb ola bilər, çünki immunitet hüceyrələri öz orqanlarına və toxumalarına hücum edir, onları yad olanlarla səhv salır. Belə xəstəliklər arasında ağ qan hüceyrələrinin səviyyəsinin azaldığı şəkərli diabet və ya Sjögren sindromu var. Leykopeniya həmçinin romatoid artrit, Haşimoto tiroiditi, Ghislaine Loeffler sindromu və bir çox digər otoimmün xəstəliklərdən qaynaqlana bilər.