Alen giả là một biến thể di truyền có thể bị nhầm lẫn với một alen thật, nhưng thực chất là một đột biến của nó. Các alen giả có thể phát sinh do sai sót trong phân tích di truyền hoặc xác định sai vật liệu di truyền.
Một ví dụ về các alen giả là SNP (đa hình đơn nucleotide), là sự thay đổi một nucleotide trong trình tự DNA. Tuy nhiên, một số SNP có thể được xác định không chính xác là một pseudoallele do bản chất của phân tích di truyền hoặc do hiểu biết không đầy đủ về thông tin di truyền.
Các alen giả cũng có thể phát sinh trong phân tích dữ liệu di truyền khi cùng một SNP được xác định là hai alen khác nhau. Điều này có thể xảy ra, ví dụ, nếu một SNP nằm trong intron và một SNP khác nằm trong exon.
Ngoài ra, các pseudoallele có thể là do lỗi trong trình tự DNA. Ví dụ: nếu một cặp nucleotide bị bỏ sót trong quá trình giải trình tự, điều này có thể khiến một SNP được báo cáo là hai alen khác nhau trong khi thực tế chúng là cùng một alen.
Nhìn chung, các pseudoallele đặt ra thách thức cho nghiên cứu di truyền vì chúng có thể dẫn đến những kết luận sai lầm và hiểu sai về cơ chế di truyền. Vì vậy, điều quan trọng là phải phân tích cẩn thận dữ liệu di truyền và xem xét tất cả các nguồn sai sót có thể xảy ra để tránh kết luận sai.