Hipotalamus üçüncü serebral mədəciyin döşəməsini təşkil edən ön beynin bir hissəsidir. Hipotalamusda visseral funksiyaları idarə edən müxtəlif mərkəzlər var - su balansı, bədən istiliyi, yuxu və s.
Hipotalamus neyroendokrin sistemi tənzimləyərək orqanizmdə homeostazın saxlanmasında mühüm rol oynayır. Hipofiz vəzi tərəfindən hormonların istehsalına təsir edərək sinir və endokrin sistemlərin işini əlaqələndirir. Hipotalamus həmçinin vegetativ funksiyaların, duyğuların, davranışların və motivasiyanın tənzimlənməsində iştirak edir. Hipotalamusun zədələnməsi homeostazda və bədənin işində ciddi pozuntulara səbəb ola bilər.