Vnitřní pohlavní orgány jsou skupinou orgánů, která zahrnuje mužské a ženské pohlavní orgány. Jsou umístěny uvnitř těla a plní důležité funkce související s rozmnožováním.
Mezi mužské reprodukční orgány patří penis, šourek, prostata a semenné váčky. Penis je hlavní částí mužského reprodukčního aparátu a je prodloužením penisu. Má hlavu, tělo a kořen, který se nachází na stydké kosti. Šourek je vak, který ukrývá varlata a produkuje spermie. Varlata produkují spermie, které se podílejí na oplodnění vajíčka a vytváření nového života. Prostata se nachází za močovým měchýřem a řídí tvorbu moči. Semenné váčky syntetizují spermie pro přenos během pohlavního styku.
Ženskými reprodukčními orgány jsou děloha, vaječníky, vejcovody a pochva. Děloha je hlavním reprodukčním orgánem, kde dozrávají vajíčka. Vaječníky jsou párové žlázy, které produkují vajíčka, po kterých se přes ovulaci přesunou do vejcovodu. Vejcovod je hlavní funkční koncová část systému, transportující vajíčko z vaječníků po ovulaci do děložní dutiny, kde může být oplodněno spermií. Vagína obsahuje cervikální kanálky