Vetyperoksidilla (perhydrolilla) on paikallinen kauterisoiva vaikutus. Ihokosketuksessa se muuttuu valkoiseksi, palaa ja muodostaa rakkuloita. Nieltynä ruoansulatuskanavan limakalvolle syntyy palovamma. Erityisen vaarallista on myrkytys vetyperoksiditiivisteillä (40 %), mikä voi aiheuttaa kaasuemboliaa sydämen ja aivojen verisuonissa.
Vetyperoksidin hengittäminen aiheuttaa ärsyttävän vaikutuksen ja voi johtaa myrkyllisen keuhkopöhön kehittymiseen.
Myrkytyksen hoito vetyperoksidilla on samanlainen kuin syövyttävillä emäksillä tapahtuvan myrkytyksen hoito. Hengitysmyrkytystapauksessa hoito suoritetaan kuten kloorimyrkytys.