A genetikai egyensúly olyan helyzet, amelyben az allélok eloszlása a populációban nemzedékről generációra állandó marad (szelekció vagy mutáció hiányában).
A genetikai egyensúly akkor érhető el, ha az allélgyakoriság egy populációban nem változik az idő múlásával. Ez akkor fordul elő, amikor az evolúciós erők, például a természetes szelekció, a mutáció, a genetikai sodródás és a migráció kiegyensúlyozzák egymást.
Például, ha az A allél 60%-os gyakorisággal, az a allél pedig 40%-os gyakorisággal fordul elő, és ezek a gyakoriságok nemzedékről nemzedékre megmaradnak, akkor ezen a lókuszban létrejött a genetikai egyensúly a populációban.
A genetikai egyensúly fontos fogalom a populációgenetikában. Lehetővé teszi annak előrejelzését, hogy az allélok és genotípusok gyakorisága egy populációban hogyan változik az idő múlásával. Az egyensúlyhiány evolúciós változásokhoz vezet a populációban.