Równowaga genetyczna to sytuacja, w której rozkład alleli w populacji pozostaje stały z pokolenia na pokolenie (przy braku selekcji lub mutacji).
Równowagę genetyczną osiąga się, gdy częstość alleli w populacji nie zmienia się w czasie. Dzieje się tak, gdy siły ewolucyjne, takie jak dobór naturalny, mutacje, dryf genetyczny i migracja, równoważą się.
Przykładowo, jeśli allel A występuje z częstością 60%, a allel a - z częstotliwością 40% i częstotliwości te utrzymują się z pokolenia na pokolenie, to w populacji w tym locus ustala się równowaga genetyczna.
Równowaga genetyczna jest ważnym pojęciem w genetyce populacyjnej. Pozwala przewidzieć, jak częstość występowania alleli i genotypów w populacji będzie się zmieniać w czasie. Brak równowagi prowadzi do zmian ewolucyjnych w populacji.