Beban mutasi adalah istilah yang sering digunakan dalam genetika dan biologi evolusi untuk merujuk pada kompleksitas dan intensitas peristiwa mutasi yang terjadi dalam suatu populasi. Istilah ini dapat digunakan untuk menggambarkan beban adaptif, yaitu potensi evolusi suatu genotipe tertentu, dan untuk menggambarkan mutasi stres yang dapat mengganggu stabilitas sistem genetik.
Saat mempertimbangkan beban mutasi adaptif, istilah ini mengacu pada kompleksitas yang dihasilkan dari adanya banyak mutasi per satuan waktu. Hal ini menekankan perlunya optimalisasi sistem genetik, karena setiap mutasi membawa potensi kelangsungan hidup organisme ke tingkat yang baru, dan juga menciptakan potensi mutasi pada gen lain.