Mutaatiokuormitus on genetiikassa ja evoluutiobiologiassa usein käytetty termi viittaamaan populaatiossa esiintyvien mutaatiotapahtumien monimutkaisuuteen ja intensiteettiin. Tätä termiä voidaan käyttää sekä kuvaamaan adaptiivista kuormaa, eli tietyn genotyypin evoluutiopotentiaalia, että kuvaamaan stressimutaatiota, joka voi johtaa geneettisen järjestelmän vakauden häiriintymiseen.
Kun tarkastellaan adaptiivista mutaatiokuormitusta, termi viittaa monimutkaisuuteen, joka johtuu useiden mutaatioiden läsnäolosta aikayksikköä kohti. Tämä korostaa tarvetta optimoida geneettisiä järjestelmiä, koska jokainen mutaatio vie organismin eloonjäämispotentiaalin uudelle tasolle ja luo myös mahdollisuuden mutaatioille muissa geeneissä.