De blastocoel (van de Griekse woorden "blastos", wat "embryo" en "koi-loma" betekent, wat zich vertaalt als "holte") is een holte gevuld met vloeistof die wordt gevormd als gevolg van het verpletteren van een bevruchte eicel. De blastocoel is een van de eerste stappen in de ontwikkeling van meercellige organismen.
Wanneer een sperma een eicel bevrucht, wordt een zygoot gevormd - de oorspronkelijke cel van het toekomstige organisme. De zygoot begint zich te delen, er vindt een reeks opeenvolgende delingen plaats, resulterend in de vorming van een celmassa die morula wordt genoemd. Dan verandert de morula in een blastula en ontstaat er een holte: de blastocoel.
De blastocoel is belangrijk bij de ontwikkeling van het embryo. Binnen de blastocoel wordt een blastodisc gevormd - een cellulaire laag die de basis zal worden van toekomstige organen en weefsels. De blastodisc bestaat uit drie lagen: endoderm, ectoderm en mesoderm. Het endoderm vormt de inwendige organen, het ectoderm vormt de huid en het zenuwstelsel, en het mesoderm vormt botten, spieren en de bloedsomloop.
De embryonale ontwikkeling begint bij de blastocoel en dit vindt plaats binnen de eerste paar dagen na de bevruchting. Dan verandert de blastocoel in een gastrula, die al een uitgesproken vorm en gelaagde structuur heeft.
Concluderend kunnen we zeggen dat de blastocoel een belangrijke fase is in de ontwikkeling van het embryo van meercellige organismen. Het is vanuit de blastodisc dat alle organen en weefsels van het toekomstige organisme worden gevormd. Daarom is de studie van de blastocoel een belangrijke taak op het gebied van biologie en geneeskunde.