Blastokoeli (kreikan sanoista "blastos", joka tarkoittaa "alkiota" ja "koi-loma", joka käännetään "onteloksi") on nesteellä täytetty ontelo, joka muodostuu hedelmöittyneen munasolun murskaantumisen seurauksena. Blastokoeli on yksi ensimmäisistä vaiheista monisoluisten organismien kehityksessä.
Kun siittiö hedelmöittää munasolun, muodostuu tsygootti - tulevan organismin alkuperäinen solu. Tsygootti alkaa jakautua, tapahtuu sarja peräkkäisiä jakautumisia, mikä johtaa solumassan muodostumiseen, jota kutsutaan morulaksi. Sitten morula muuttuu blastulaksi ja muodostuu ontelo - blastocoel.
Blastokoeli on tärkeä alkion kehityksessä. Blastokoelin sisällä muodostuu blastodiskvi - solukerros, josta tulee tulevien elinten ja kudosten perusta. Blastodiski koostuu kolmesta kerroksesta - endodermista, ektodermista ja mesodermista. Endodermi muodostaa sisäelimet, ektodermi muodostaa ihon ja hermoston ja mesodermi luut, lihakset ja verenkiertoelimistön.
Alkion kehitys alkaa blastokoelista, ja tämä tapahtuu muutaman ensimmäisen päivän kuluessa hedelmöityksestä. Sitten blastocoel muuttuu gastrulaksi, jolla on jo selvä muoto ja kerrosrakenne.
Yhteenvetona voidaan sanoa, että blastokoeli on tärkeä vaihe monisoluisten organismien alkion kehityksessä. Juuri blastodiskesta muodostuvat kaikki tulevan organismin elimet ja kudokset. Siksi blastokoelin tutkimus on tärkeä tehtävä biologian ja lääketieteen alalla.