Pulmonale sepsis verloopt op vrijwel dezelfde manier als bloedvergiftiging, maar de longen zijn bij het proces betrokken en er ontstaat voornamelijk focale etterende ontsteking van het type alveolitis. Een belangrijk verschil tussen de pulmonale vorm van sepsis en bloedvergiftiging is een significante stijging van de lichaamstemperatuur, hoofdpijn, tachycardie, hypotensie