Cảnh quan vi khuẩn là khái niệm mô tả sự đa dạng của các loài vi sinh vật trong một môi trường sinh thái nhất định. Đây là một khía cạnh quan trọng của việc nghiên cứu hoạt động sống của sinh vật và sự tương tác của chúng với môi trường.
Hệ vi sinh vật đề cập đến cộng đồng vi khuẩn thuộc các loài khác nhau sống trong các môi trường sinh học khác nhau. Tùy thuộc vào môi trường sống của chúng, vi sinh vật có thể có số lượng và thành phần loài khác nhau. Ví dụ, nhiều loại nấm, vi sinh vật và vi khuẩn có lợi có thể hiện diện trong đất, trong khi chỉ có vi khuẩn thuộc chi đường ruột mới có thể có trong thực phẩm. Vi khuẩn sống trong cơ thể con người có thể có lợi cho cơ thể, chẳng hạn như một số loại E. coli. Chúng cũng có thể gây ra nhiều bệnh khác nhau khi hệ miễn dịch của con người bị suy giảm. Cơ thể con người có những vi sinh vật riêng, luôn tồn tại ở mức cân bằng nhất định. Sự mất cân bằng xảy ra với sự gia tăng hoạt động của các vi sinh vật lạ. Ngoài ra, dinh dưỡng và hoạt động thể chất ảnh hưởng đến sự cân bằng của hệ vi sinh vật: các bệnh liên quan đến béo phì, tiểu đường, v.v. đòi hỏi phải điều chỉnh các điều kiện và thành phần của hệ vi sinh vật. Các nhà vi khuẩn học nghiên cứu hệ vi sinh vật để xác định khả năng kháng các loại kháng sinh khác nhau, điều này cho phép chúng được sử dụng để điều trị hiệu quả hơn các bệnh liên quan đến loại vi khuẩn này. Một ví dụ là tụ cầu khuẩn, là tác nhân gây ra áp xe mủ hoặc các biểu hiện nhiễm trùng sâu do loại vi khuẩn này gây ra. Staphylococci có mặt trong hệ vi sinh vật bình thường của con người, nhưng có những trường hợp chúng xâm nhập vào cơ thể từ vết thương. Để xác định tác nhân gây bệnh tụ cầu khuẩn, cần tiến hành xét nghiệm máu và nuôi cấy trên môi trường dinh dưỡng. Sau đó, điều trị bằng kháng sinh được chỉ định, vì nhiễm trùng tụ cầu có thể gây tử vong nếu không được điều trị đúng cách.