Бактериалният пейзаж е понятие, което описва разнообразието от микроорганизми в определена екологична среда. Това е важен аспект от изучаването на жизнената дейност на организмите и тяхното взаимодействие с околната среда.
Микрофлората се отнася до общности от бактерии от различни видове, които живеят в различни биологични среди. В зависимост от местообитанието си микроорганизмите могат да имат различен брой и състав на видовете. Например в почвата могат да присъстват много видове гъбички, микроорганизми и полезни бактерии, докато в храната са възможни само бактерии от чревния род. Бактериите, които живеят в човешкото тяло, могат да бъдат полезни за тялото, като например някои видове E. coli. Те също могат да причинят различни заболявания, когато човешката имунна система е нарушена. Човешкото тяло има свои собствени микроорганизми, които винаги съществуват в определен баланс. Настъпва дисбаланс при повишена активност на чужди микроорганизми. В допълнение, храненето и физическата активност влияят върху баланса на микрофлората: заболявания, свързани със затлъстяване, диабет и др., изискват корекция на условията и състава на микрофлората. Бактериолозите изследват микрофлората, за да определят нейната устойчивост към различни видове антибиотици, което им позволява да се използват за по-ефективно лечение на заболявания, свързани с този вид микроби. Един пример е стафилококът, който е причинителят на гнойни абсцеси или дълбоки септични прояви, причинени от този вид бактерии. Стафилококите присъстват в нормалната човешка микрофлора, но има случаи, когато попадат в тялото от рана. За идентифициране на причинителя на стафилококи е необходимо да се направи кръвен тест и култура върху хранителна среда. След това се предписва антибиотично лечение, тъй като стафилококовите инфекции могат да бъдат фатални, ако не е предписана правилно терапия.