Το βακτηριακό τοπίο είναι μια έννοια που περιγράφει την ποικιλομορφία των μικροοργανισμών σε ένα συγκεκριμένο οικολογικό περιβάλλον. Αυτή είναι μια σημαντική πτυχή της μελέτης της δραστηριότητας ζωής των οργανισμών και της αλληλεπίδρασής τους με το περιβάλλον.
Η μικροχλωρίδα αναφέρεται σε κοινότητες βακτηρίων διαφορετικών ειδών που ζουν σε διαφορετικά βιολογικά περιβάλλοντα. Ανάλογα με τον βιότοπό τους, οι μικροοργανισμοί μπορεί να έχουν διαφορετικό αριθμό και σύνθεση ειδών. Για παράδειγμα, πολλά είδη μυκήτων, μικροοργανισμών και ωφέλιμων βακτηρίων μπορεί να υπάρχουν στο έδαφος, ενώ μόνο βακτήρια από το εντερικό γένος είναι πιθανά στα τρόφιμα. Τα βακτήρια που ζουν στο ανθρώπινο σώμα μπορεί να είναι ωφέλιμα για τον οργανισμό, όπως ορισμένοι τύποι E. coli. Μπορούν επίσης να προκαλέσουν διάφορες ασθένειες όταν το ανθρώπινο ανοσοποιητικό σύστημα είναι εξασθενημένο. Το ανθρώπινο σώμα έχει τους δικούς του μικροοργανισμούς, οι οποίοι υπάρχουν πάντα σε μια ορισμένη ισορροπία. Εμφανίζεται ανισορροπία με αυξημένη δραστηριότητα ξένων μικροοργανισμών. Επιπλέον, η διατροφή και η φυσική δραστηριότητα επηρεάζουν την ισορροπία της μικροχλωρίδας: οι ασθένειες που σχετίζονται με την παχυσαρκία, τον διαβήτη κ.λπ. απαιτούν διόρθωση των συνθηκών και της σύνθεσης της μικροχλωρίδας. Οι βακτηριολόγοι μελετούν τη μικροχλωρίδα για να προσδιορίσουν την αντοχή της σε διάφορους τύπους αντιβιοτικών, γεγονός που τους επιτρέπει να χρησιμοποιούνται για αποτελεσματικότερη θεραπεία ασθενειών που σχετίζονται με αυτόν τον τύπο μικροβίων. Ένα παράδειγμα είναι ο σταφυλόκοκκος, ο οποίος είναι ο αιτιολογικός παράγοντας των πυωδών αποστημάτων ή των βαθιών σηπτικών εκδηλώσεων που προκαλούνται από αυτόν τον τύπο βακτηρίων. Οι σταφυλόκοκκοι υπάρχουν στη φυσιολογική ανθρώπινη μικροχλωρίδα, αλλά υπάρχουν περιπτώσεις που εισέρχονται στο σώμα από μια πληγή. Για τον εντοπισμό του αιτιολογικού παράγοντα του σταφυλόκοκκου, είναι απαραίτητο να πραγματοποιηθεί εξέταση αίματος και καλλιέργεια σε θρεπτικό μέσο. Μετά από αυτό, συνταγογραφείται αντιβιοτική θεραπεία, καθώς οι σταφυλοκοκκικές λοιμώξεις μπορεί να είναι θανατηφόρες εάν δεν συνταγογραφηθεί σωστά η θεραπεία.