Комплексът на Голджи се състои от 5-10 плоски диска (плочи), в които се разграничава основният елемент - резервоарът и няколко диктиозоми или клъстер от резервоари. Тези диктиозоми се разделят и разпределят равномерно по време на митоза или клетъчно делене.
Лизозомите, „стомахът“ на клетката, се образуват от везикули на комплекса Голджи: те съдържат храносмилателни ензими, които им позволяват да смилат храната, влизаща в цитоплазмата. Тяхната вътрешност или микус е облицована с дебел слой полизахариди, които пречат на тези ензими да разграждат собствения си клетъчен материал.