Fylogeneze je kompletní evoluční historie skupiny organismů. Jedná se o vědu, která studuje původ a vztahy taxonomických skupin jakékoli úrovně.
Fylogenetické studie nám umožňují sledovat vývoj a vývoj organismů od jejich předků. Pro konstrukci fylogenetických stromů jsou využívána data ze srovnávací morfologie, embryologie, paleontologie, genetiky a dalších oborů. Analýza evolučních vztahů je důležitá pro taxonomii, protože umožňuje identifikovat míru vztahu mezi různými taxony.
Fylogeneze nám tedy umožňuje udělat si představu o cestách evolučního vývoje živých organismů a rekonstruovat jejich historický vývoj od společného předka až po moderní stát. Tyto znalosti jsou nezbytné pro pochopení mechanismů evoluce a biologické rozmanitosti na naší planetě.