Filogeneza to pełna historia ewolucji grupy organizmów. Jest to nauka zajmująca się badaniem pochodzenia i powiązań grup taksonomicznych dowolnej rangi.
Badania filogenetyczne pozwalają prześledzić rozwój i ewolucję organizmów od ich przodków. Do konstruowania drzew filogenetycznych wykorzystuje się dane z morfologii porównawczej, embriologii, paleontologii, genetyki i innych dyscyplin. Analiza powiązań ewolucyjnych jest ważna dla taksonomii, ponieważ umożliwia określenie stopnia pokrewieństwa pomiędzy różnymi taksonami.
Filogeneza pozwala zatem poznać ścieżki ewolucyjnego rozwoju organizmów żywych i zrekonstruować ich historyczny rozwój od wspólnego przodka do państwa współczesnego. Wiedza ta jest niezbędna do zrozumienia mechanizmów ewolucji i różnorodności biologicznej na naszej planecie.