Fylogenie is de volledige evolutionaire geschiedenis van een groep organismen. Dit is een wetenschap die de oorsprong en relaties van taxonomische groepen van welke rang dan ook bestudeert.
Fylogenetische studies stellen ons in staat de ontwikkeling en evolutie van organismen vanaf hun voorouders te volgen. Om fylogenetische bomen te construeren, worden gegevens uit vergelijkende morfologie, embryologie, paleontologie, genetica en andere disciplines gebruikt. Analyse van evolutionaire relaties is belangrijk voor de taxonomie, omdat het het mogelijk maakt de mate van relatie tussen verschillende taxa te identificeren.
Fylogenie stelt ons dus in staat een idee te krijgen van de paden van de evolutionaire ontwikkeling van levende organismen en hun historische ontwikkeling te reconstrueren van een gemeenschappelijke voorouder tot de moderne staat. Deze kennis is nodig om de mechanismen van evolutie en biologische diversiteit op onze planeet te begrijpen.