Κυτοτοξίνη είναι κάθε δηλητήριο ή ουσία που έχει τοξική επίδραση στα κύτταρα του εσωτερικού περιβάλλοντος του σώματος. Η κυτταρική τοξίκωση μπορεί να προκληθεί όχι μόνο από ξένους μικροοργανισμούς, αλλά και από μικροοργανισμούς που ανήκουν στο ίδιο το ανθρώπινο ανοσοποιητικό σύστημα (αν υπάρχει περίσσεια). Η κυτταρική τοξίκωση μπορεί να εξηγήσει ένα σημαντικό μέρος των οξειών ή χρόνιων φλεγμονωδών διεργασιών που συμβαίνουν με ταχεία ή αργή καταστροφή των κυττάρων των ιστών. Εάν, όταν ένα παθογόνο επηρεάζει το σώμα, τα κύτταρα πεθαίνουν χωρίς να καταστραφεί το πρωτεϊνικό τους τμήμα, η διαδικασία ονομάζεται κυτταρική λύση. Τέτοιες συνέπειες μπορούν να παρατηρηθούν σε αλλεργίες ή μολυσματικές αντιδράσεις όταν δεσμεύονται οι ανοσοσφαιρίνες