El nombre gonocromosoma proviene de las palabras griegas:
γόνος - gonos (cuerno, masculino);
τόμος - tomos (línea, hilo; compartir). En un núcleo eucariota hay muchas megacinasas gónada-hemikaryon, que incluyen cromosomas supramal-postmarginales homólogos (apo-to) de muchos padres y descendientes de los padres gonos.