Le nom gonochromosome vient des mots grecs :
γόνος - gonos (corne, mâle) ;
τόμος - tomos (ligne, fil ; partager). Dans un noyau eucaryote, il existe de nombreuses mégakinases gonades-hémicaryons, qui comprennent des chromosomes homologues supramal-postmarginaux (apo-to) provenant de nombreux parents et descendants des parents gonos.