Proto-samarbete (av grekiskan "protos" - första och latinets "cooperatio" - samarbete) är ett sätt för interaktion mellan två populationer, där var och en drar nytta av den andras närvaro, men kan existera utan den. Sådana relationer kan vara mellan arter i naturen eller mellan företag i näringslivet.
I naturen förekommer protosamarbete till exempel mellan blommor och deras pollinerare. Blomman förser pollinatören med det pollen som behövs för att befrukta andra blommor, och pollinatören överför i sin tur pollen till andra blommor, vilket hjälper dem att befrukta. Båda deltagarna i denna process gynnas: blomman får möjlighet att föröka sig, och pollinatören får mat i form av nektar, som utsöndras av blomman.
I näringslivet kan protosamarbete förekomma mellan två företag som inte är konkurrenter utan interagerar med varandra för att få fördelar. Till exempel kan en möbeltillverkare samarbeta med en möbeltygstillverkare för att få råvaror till ett bättre pris, och tygtillverkaren får beställningar på sina produkter.
Protosamarbete är en viktig interaktionsmekanism som gör att deltagarna kan dra nytta av samarbetet. Sådana relationer kan pågå länge och vara ömsesidigt fördelaktiga för alla deltagare. Men om en av deltagarna upphör att gynnas kan protosamarbetet upphöra. Därför är det viktigt att säkerställa att alla deltagare i protosamarbetet drar nytta av och upprätthåller dessa relationer under lång tid.