Protokooperasiya (yunanca "protos" - birinci və latınca "cooperatio" - əməkdaşlıq) iki populyasiya arasında qarşılıqlı əlaqə üsuludur, burada hər biri digərinin mövcudluğundan faydalanır, lakin onsuz da mövcud ola bilər. Bu cür əlaqələr təbiətdəki növlər arasında və ya biznesdəki şirkətlər arasında ola bilər.
Təbiətdə protokooperasiya, məsələn, çiçəklər və onların tozlayıcıları arasında baş verir. Çiçək tozlayıcıya digər çiçəkləri mayalandırmaq üçün lazım olan tozcuqları verir, tozlayıcı isə öz növbəsində tozcuqları başqa çiçəklərə ötürür, onların mayalanmasına kömək edir. Bu prosesin hər iki iştirakçısı faydalanır: çiçək çoxalmaq imkanı əldə edir, tozlandırıcı isə çiçəkdən ifraz olunan nektar şəklində qida alır.
Biznesdə proto-əməkdaşlıq rəqib olmayan, lakin fayda əldə etmək üçün bir-biri ilə qarşılıqlı əlaqədə olan iki şirkət arasında baş verə bilər. Məsələn, mebel istehsalçısı daha sərfəli qiymətə xammal əldə etmək üçün üzlük parça istehsalçısı ilə əməkdaşlıq edə bilər və parça istehsalçısı öz məhsulları üçün sifarişlər alır.
Protokooperasiya iştirakçılara əməkdaşlıqdan faydalanmağa imkan verən mühüm qarşılıqlı fəaliyyət mexanizmidir. Bu cür əlaqələr uzun müddət davam edə bilər və bütün iştirakçılar üçün qarşılıqlı faydalı ola bilər. Lakin iştirakçılardan biri mənfəət əldə etməyi dayandırarsa, proto-əməkdaşlıq dayandırıla bilər. Buna görə də, proto-əməkdaşlığın bütün iştirakçılarının faydalanmasını və bu münasibətləri uzun müddət saxlamasını təmin etmək vacibdir.