Proto-işbirliği (Yunanca "protos" - ilk ve Latince "cooperatio" - işbirliğinden), her birinin diğerinin varlığından yararlandığı ancak onsuz da var olabileceği iki nüfus arasındaki etkileşimin bir yoludur. Bu tür ilişkiler doğadaki türler arasında veya iş dünyasındaki şirketler arasında olabilir.
Doğada, örneğin çiçekler ve tozlayıcılar arasında proto-işbirliği meydana gelir. Çiçek, tozlaştırıcıya diğer çiçekleri döllemek için gereken poleni sağlar ve tozlayıcı da poleni diğer çiçeklere aktararak onların döllenmesine yardımcı olur. Bu süreçteki her iki katılımcı da fayda sağlar: çiçek üreme fırsatı bulur ve tozlayıcı, çiçeğin salgıladığı nektar biçiminde yiyecek alır.
İş dünyasında, rakip olmayan ancak fayda elde etmek için birbirleriyle etkileşime giren iki şirket arasında proto-işbirliği meydana gelebilir. Örneğin bir mobilya üreticisi, hammaddeyi daha iyi fiyata elde etmek için bir döşemelik kumaş üreticisi ile ortaklık kurabilir ve kumaş üreticisi ürünleri için sipariş alır.
Protoişbirliği, katılımcıların işbirliğinden faydalanmasını sağlayan önemli bir etkileşim mekanizmasıdır. Bu tür ilişkiler uzun sürebilir ve tüm katılımcılar için karşılıklı olarak faydalı olabilir. Ancak katılımcılardan birinin fayda sağlamayı bırakması durumunda protokol sona erebilir. Bu nedenle proto-işbirliğindeki tüm katılımcıların bu ilişkilerden faydalanmasının ve uzun süre devam etmesinin sağlanması önemlidir.