Sonaptiska klyftor är tunna utrymmen mellan neuronceller som tillåter överföring av elektriska signaler mellan dem. De är cirka 20 - 50 nm breda och representerar ett lager av speciella föreningar som kallas synapser, som innehåller proteiner som ansvarar för signalöverföring.
Synkronisering av den synaptiska klyftan beror på många faktorer, inklusive hastigheten för transport av signalsubstanser över synapsen, tidsintervallen mellan dess öppning och stängning och styrkan hos neurotransmittorns bindning till dess receptorer på det presynaptiska membranet. Generellt sett mäts synaptisk styrka av potentialskillnaden mellan två neuroner som uppstår när de kommer i direkt kontakt. Om denna potentialskillnad är tillräckligt stor kan signalen passera genom synapsen.
Öppningen/stängningen av den synaptiska klyftan kan regleras av olika ämnen och molekylära processer. Till exempel kan öppning/stängning bero på närvaron av dopamin- eller serotoninbindning, vilket direkt reglerar storleken på synaptisk klyfta genom att ändra aktiviteten hos proteiner som kalmodulin och Janus kinas 2.