Strukturformel:
Cefiaxim är ett cykliskt N-heterocykliskt derivat av 7-oxotetracyklin. Den har en speciell struktur. Den heterometanol-substituerade tetracyklinringen bildar en ny grupp på kolkedjan i cefalosporinmolekylen som är nästan parallell med huvudkedjan och är länkad i position 3. Således är huvudkedjan något smalare på denna plats, vilket ger cefalin en molekylär arkitektur något annorlunda än morfologin hos andra cefalosporiner.