Strukturel formel:
Cefiaxim er et cyklisk N-heterocyklisk derivat af 7-oxotetracyclin. Det har en ejendommelig struktur. Den heteromethanol-substituerede tetracyclinring danner en ny gruppe på carbonkæden i cephalosporinmolekylet, der er næsten parallel med hovedkæden og er forbundet i position 3. Således er hovedkæden en smule indsnævret på dette sted, hvilket giver cephalin en molekylær arkitektur lidt anderledes end morfologien af andre cephalosporiner.