Otoalerjenler vücudun kendi proteinine karşı bağışıklık tepkisini tetikleyen maddelerdir. Böylece otoalerjenik süreç vücudun içinde gelişir ve kendi sınırlı lokalizasyon aralığına sahiptir. En aktif otoantijen viral bir enfeksiyondur ancak bulaşıcı olmayan otoalerjenik mekanizmalar da vardır.
Virüs kaynaklı otoalerjen, örneğin sitomegalovirüs (CMV) veya Ebola ateşi (EBOV) gibi herpes virüsü enfeksiyonlarından biri sırasında vücutta tespit edilen özel bir otoantijen sınıfıdır. Birincil enfeksiyon veya pasif enfeksiyondan sonra, herpes virüsü konakçı hücrelerde büyük miktarda viral parçacık birikimi oluşturur, bu da bağışıklık sisteminin aktivasyonuna ve otoantikor üretiminin uyarılmasına yol açar. Bu antikorlar virüse özeldir ve hastanın immünoglobülinlerine bağlanma eğilimi gösterdiğinden taşıyıcının sağlığına önemli ölçüde zarar verebilir.
Otoalerjenler vücuda yayılır ve lokal semptomlardan (burun tıkanıklığı, hapşırma, boğaz ağrısı) ciddi klinik bulgulara (Weil-Vasiliev sendromu, bronşiyal astım, sekonder trombositopeni, Guillain-Barre sendromu ve diğerleri) kadar çeşitli reaksiyonlara neden olur. Tedavileri hastalığın türüne ve evresine, enfeksiyonun nedenine ve hastanın bağışıklık sisteminin özelliklerine bağlıdır. Bazen terapi, monoklonal antikor ilaçları, antibiyotikler vb. ile anti-antikor tedavisini içerebilir.