Τα αυτοαλλεργιογόνα είναι ουσίες που προκαλούν την ανοσολογική απόκριση του οργανισμού στη δική του πρωτεΐνη. Έτσι, η αυτοαλλεργική διαδικασία αναπτύσσεται μέσα στο σώμα και έχει το δικό της περιορισμένο εύρος εντοπισμού. Το πιο ενεργό αυτοαντιγόνο είναι μια ιογενής λοίμωξη, αλλά υπάρχουν και μη μολυσματικοί αυτοαλλεργικοί μηχανισμοί.
Το αυτοαλλεργιογόνο που προκαλείται από ιούς είναι μια ειδική κατηγορία αυτοαντιγόνων που ανιχνεύεται στο σώμα κατά τη διάρκεια μιας από τις λοιμώξεις από τον ιό του έρπητα, για παράδειγμα, κυτταρομεγαλοϊού (CMV) ή πυρετού Έμπολα (EBOV). Μετά από πρωτογενή μόλυνση ή παθητική μόλυνση, ο ερπητοϊός σχηματίζει τεράστιες συσσωρεύσεις ιικών σωματιδίων στα κύτταρα ξενιστές, γεγονός που οδηγεί σε ενεργοποίηση του ανοσοποιητικού συστήματος και διέγερση της παραγωγής αυτοαντισωμάτων. Αυτά τα αντισώματα είναι ειδικά για τον ιό και μπορούν να βλάψουν σημαντικά την υγεία του φορέα, καθώς τείνουν να δεσμεύουν τις ανοσοσφαιρίνες του ασθενούς.
Τα αυτοαλλεργιογόνα εξαπλώνονται σε όλο το σώμα και προκαλούν διάφορες αντιδράσεις - από τοπικά συμπτώματα (ρινική συμφόρηση, φτέρνισμα, πονόλαιμος) έως σοβαρές κλινικές εκδηλώσεις (σύνδρομο Weil-Vasiliev, βρογχικό άσθμα, δευτεροπαθής θρομβοπενία, σύνδρομο Guillain-Barre και άλλα). Η αντιμετώπισή τους εξαρτάται από τον τύπο και το στάδιο της νόσου, την αιτία της μόλυνσης και τα χαρακτηριστικά του ανοσοποιητικού συστήματος του ασθενούς. Μερικές φορές η θεραπεία μπορεί να περιλαμβάνει θεραπεία αντισωμάτων με φάρμακα μονοκλωνικών αντισωμάτων, αντιβιοτικά κ.λπ.