Autoallergeenit ovat aineita, jotka aiheuttavat kehon immuunivasteen omalle proteiinilleen. Siten autoallergeeninen prosessi kehittyy kehon sisällä ja sillä on oma rajoitettu lokalisaatioalue. Aktiivisin autoantigeeni on virusinfektio, mutta on myös ei-tarttuvia autoallergeenisia mekanismeja.
Viruksen aiheuttama autoallergeeni on erityinen autoantigeenien luokka, joka havaitaan kehossa jonkin herpesvirusinfektion aikana, esimerkiksi sytomegalovirus (CMV) tai ebolakuume (EBOV). Primaarisen tai passiivisen infektion jälkeen herpesvirus muodostaa valtavia viruspartikkelien kerääntymiä isäntäsoluihin, mikä johtaa immuunijärjestelmän aktivoitumiseen ja autovasta-aineiden tuotannon stimulaatioon. Nämä vasta-aineet ovat spesifisiä virukselle ja voivat vahingoittaa merkittävästi kantajan terveyttä, koska niillä on taipumus sitoa potilaan immunoglobuliineja.
Autoallergeenit leviävät koko kehoon ja aiheuttavat erilaisia reaktioita - paikallisista oireista (nenän tukkoisuus, aivastelu, kurkkukipu) vakaviin kliinisiin ilmenemismuotoihin (Weil-Vasiliev-oireyhtymä, keuhkoastma, sekundaarinen trombosytopenia, Guillain-Barren oireyhtymä ja muut). Niiden hoito riippuu taudin tyypistä ja vaiheesta, infektion syystä ja potilaan immuunijärjestelmän ominaisuuksista. Joskus hoitoon voi kuulua vasta-ainehoito monoklonaalisilla vasta-ainelääkkeillä, antibiooteilla jne.