Важливе значення у структурі геному рослин мають міжгенні поліморфізми — групи зчеплення, які включають близько розташовані, ідентичні чи близькі за будовою гени. Відсутність значної зв'язку з-поміж них, свідчить про порушення функціональних зв'язків. Детермінанти стійкості рослин та низки ознак пов'язані з поліморфізмами локусів, у яких локалізовані відповідні гени. Такі «блоки» спадкової мінливості характеризуються підвищеною частотою спонтанних рецесивних та домінантних мутацій. Поліморфізм детермінації ознаки відбивається на мінливості ознаки, характерної для генотипів, що містять блокований з генетичних причин алель (наприклад, при блокуванні гена у більш ніж 50% особин), і може виявлятися у вигляді зміни середніх значень та варіації ознаки у всій вибірці. Порушення гетерогенності популяції пов'язане із збільшенням варіативності соматичних та хромосомних перебудов