Polimorfizmy międzygenowe — grupy połączeń obejmujące blisko położone, identyczne lub strukturalnie podobne geny — są ważne w strukturze genomu rośliny. Brak istotnego połączenia między nimi wskazuje na naruszenie powiązań funkcjonalnych. Determinanty odporności roślin i szereg cech są powiązane z polimorfizmami loci, w których zlokalizowane są odpowiednie geny. Takie „bloki” dziedzicznej zmienności charakteryzują się zwiększoną częstotliwością spontanicznych mutacji recesywnych i dominujących. Polimorfizm określenia cechy odzwierciedla się w zmienności cechy, charakterystycznej dla genotypów zawierających allel zablokowany ze względów genetycznych (np. gdy gen jest zablokowany u ponad 50% osobników) i może objawiać się postać zmian wartości średnich i zmienności cechy w całej próbie. Naruszenie heterogeniczności populacji wiąże się ze wzrostem zmienności rearanżacji somatycznych i chromosomalnych