Οι διαγονιδιακοί πολυμορφισμοί - ομάδες σύνδεσης που περιλαμβάνουν στενά τοποθετημένα, πανομοιότυπα ή δομικά παρόμοια γονίδια - είναι σημαντικοί στη δομή του γονιδιώματος του φυτού. Η απουσία σημαντικής σύνδεσης μεταξύ τους υποδηλώνει παραβίαση των λειτουργικών συνδέσεων. Οι καθοριστικοί παράγοντες της αντοχής των φυτών και ένας αριθμός χαρακτηριστικών σχετίζονται με πολυμορφισμούς των τόπων στους οποίους εντοπίζονται τα αντίστοιχα γονίδια. Τέτοια «μπλοκ» κληρονομικής μεταβλητότητας χαρακτηρίζονται από αυξημένη συχνότητα αυθόρμητων υπολειπόμενων και κυρίαρχων μεταλλάξεων. Ο πολυμορφισμός του προσδιορισμού ενός χαρακτηριστικού αντικατοπτρίζεται στη μεταβλητότητα του χαρακτηριστικού, χαρακτηριστικό των γονότυπων που περιέχουν ένα αλληλόμορφο δεσμευμένο για γενετικούς λόγους (για παράδειγμα, όταν το γονίδιο είναι αποκλεισμένο σε περισσότερο από το 50% των ατόμων) και μπορεί να εκδηλωθεί στο μορφή μεταβολών στις μέσες τιμές και διακύμανση του χαρακτηριστικού σε ολόκληρο το δείγμα. Η παραβίαση της ετερογένειας του πληθυσμού σχετίζεται με αύξηση της μεταβλητότητας των σωματικών και χρωμοσωμικών ανακατατάξεων