Междугенните полиморфизми - групи на свързване, които включват близко разположени, идентични или структурно подобни гени - са важни в структурата на растителния геном. Липсата на значима връзка между тях показва нарушение на функционалните връзки. Детерминантите на устойчивостта на растенията и редица признаци са свързани с полиморфизми на локуси, в които са локализирани съответните гени. Такива "блокове" на наследствената променливост се характеризират с повишена честота на спонтанни рецесивни и доминантни мутации. Полиморфизмът на определяне на черта се отразява в вариабилността на чертата, характерна за генотипове, съдържащи алел, блокиран по генетични причини (например, когато генът е блокиран при повече от 50% от индивидите), и може да се прояви в форма на промени в средните стойности и вариация на признака в цялата извадка. Нарушаването на хетерогенността на популацията е свързано с увеличаване на променливостта на соматичните и хромозомните пренареждания