Intergene polymorfismer - koblingsgrupper som inkluderer nærliggende, identiske eller strukturelt like gener - er viktige i strukturen til plantegenomet. Fraværet av en betydelig forbindelse mellom dem indikerer et brudd på funksjonelle forbindelser. Determinanter for planteresistens og en rekke egenskaper er assosiert med polymorfismer av loci der de tilsvarende genene er lokalisert. Slike "blokker" av arvelig variasjon er preget av en økt frekvens av spontane recessive og dominerende mutasjoner. Polymorfisme av bestemmelsen av en egenskap gjenspeiles i variasjonen til egenskapen, karakteristisk for genotyper som inneholder en allel blokkert av genetiske årsaker (for eksempel når genet er blokkert i mer enn 50 % av individene), og kan manifestere seg i form for endringer i gjennomsnittsverdier og variasjon av egenskapen i hele utvalget. Brudd på populasjonsheterogenitet er assosiert med en økning i variasjonen av somatiske og kromosomale omorganiseringer