Genlərarası polimorfizmlər - yaxın yerləşmiş, eyni və ya strukturca oxşar genləri ehtiva edən əlaqə qrupları - bitki genomunun strukturunda vacibdir. Aralarında əhəmiyyətli bir əlaqənin olmaması funksional əlaqələrin pozulmasını göstərir. Bitki müqavimətinin müəyyənediciləri və bir sıra əlamətlər müvafiq genlərin lokallaşdırıldığı lokusların polimorfizmləri ilə əlaqələndirilir. İrsi dəyişkənliyin bu cür "blokları" spontan resessiv və dominant mutasiyaların tezliyinin artması ilə xarakterizə olunur. Bir əlamətin təyin edilməsinin polimorfizmi, genetik səbəblərə görə bloklanmış alleli olan genotiplərə xas olan əlamətin dəyişkənliyində əks olunur (məsələn, gen fərdlərin 50% -dən çoxunda bloklandıqda) və özünü aşağıdakı formalarda göstərə bilər. orta dəyərlərdəki dəyişikliklər forması və bütün nümunədəki əlamətin dəyişməsi. Əhalinin heterojenliyinin pozulması somatik və xromosomal quruluşun dəyişkənliyinin artması ilə əlaqələndirilir.