Az intergénikus polimorfizmusok – a szorosan elhelyezkedő, azonos vagy szerkezetileg hasonló géneket tartalmazó kapcsolódási csoportok – fontosak a növényi genom szerkezetében. A köztük lévő jelentős kapcsolat hiánya a funkcionális kapcsolatok megsértését jelzi. A növényi rezisztenciát meghatározó tényezők és számos tulajdonság olyan lókuszok polimorfizmusaihoz kapcsolódik, amelyekben a megfelelő gének lokalizálódnak. Az örökletes variabilitás ilyen „blokkjait” a spontán recesszív és domináns mutációk fokozott gyakorisága jellemzi. A tulajdonság meghatározásának polimorfizmusa a tulajdonság variabilitását tükrözi, amely a genetikai okokból blokkolt allélt tartalmazó genotípusokra jellemző (például ha a gén az egyedek több mint 50%-ánál blokkolt), és megnyilvánulhat az átlagértékek változásának formája és a tulajdonság változása a teljes mintában. A populáció heterogenitásának megsértése a szomatikus és kromoszómális átrendeződések változékonyságának növekedésével jár