Alternativ GİB sindromu adətən mərkəzi sinir sistemi xəstəlikləri ilə baş verir. Bu, beyin sapının zədələnməsi səbəbindən baş verir: hipotalamus, beynin əsası, orta medullar körpü - və nəticədə sinir impulslarının göz əzələlərinə ötürülməsinin pozulması. Baş zədələri, sinir xəstəlikləri, şişlər, zəhərlənmələr, qan dövranı pozğunluqları da səbəb ola bilər. Bu problemlər akkomodasiya mexanizmini pozur - gözlərin onlara olan məsafədə müxtəlif artımlarda obyektlərə aydın şəkildə diqqət yetirmək üçün uyğunlaşması.
İnsan beynindəki dəyişikliklərdən xəbərdardır və bu pozğunluq onun şüuruna və davranışına təsir etmir. Ancaq alternativ GİB sindromunun qeyri-standart təzahürləri də var: - fiziki xəstəlikdən çox əvvəl görünə bilər; - rənglərin qavranılması azalacaq, onların parlaqlığı daha incə olacaq; - rəngləri və çalarları qavramaq qabiliyyəti yox olacaq; - görmə sıxlığı azalacaq, nəticədə bulanıqlıq, bütün xətlərin təhrif edilməsi, bulanıqlıq