Vaihtoehtoinen IOP-oireyhtymä esiintyy yleensä keskushermoston sairauden yhteydessä. Tämä johtuu aivorungon vaurioista: hypotalamuksessa, aivojen pohjassa, keskimmäisessä medullaarisessa silmukassa - ja sen seurauksena hermoimpulssien välittymisen häiriöstä silmälihaksiin. Syynä voivat olla myös päävammat, hermosairaudet, kasvaimet, myrkytykset ja verenkiertohäiriöt. Nämä ongelmat häiritsevät akkomodaatiomekanismia - silmien sopeutumista keskittymään selvästi esineisiin, joiden etäisyys niihin on erilainen.
Ihminen on tietoinen muutoksista aivoissa, eikä tämä häiriö vaikuta hänen tietoisuuteensa ja käyttäytymiseensä. Mutta on myös epätyypillisiä IOP-oireyhtymän ilmenemismuotoja: - se voi ilmaantua kauan ennen fyysistä sairautta; - värien havainto heikkenee, niiden kirkkaus tulee hienovaraisemmaksi; - kyky havaita värejä ja sävyjä katoaa; - näön tiheys vähenee, mikä johtaa epäselvyyteen, kaikkien viivojen vääristymiseen, sumenemiseen