Syndrom alternativního IOP se obvykle vyskytuje u onemocnění centrálního nervového systému. K tomu dochází v důsledku poškození mozkového kmene: hypotalamu, základny mozku, středního medulárního mostu - a v důsledku toho narušení přenosu nervových impulsů do očních svalů. Příčinou mohou být i poranění hlavy, nervová onemocnění, nádory, otravy a poruchy krevního oběhu. Tyto problémy narušují mechanismus akomodace – adaptace očí na jasné zaostření na předměty v různé vzdálenosti od nich.
Člověk si je vědom změn v mozku a tato porucha neovlivňuje jeho vědomí a chování. Existují však i nestandardní projevy syndromu alternan IOP: - může se objevit dlouho před tělesným onemocněním; - vnímání barev se sníží, jejich jas bude jemnější; - zmizí schopnost vnímat barvy a odstíny; - hustota vidění se sníží, což má za následek rozostření, zkreslení všech čar, rozmazané