Alternativt IOP-syndrom opstår normalt med sygdom i centralnervesystemet. Dette sker på grund af skader på hjernestammen: hypothalamus, bunden af hjernen, den midterste medullære pons - og som følge heraf en forstyrrelse i overførslen af nerveimpulser til øjenmusklerne. Hovedskader, nervesygdomme, tumorer, forgiftninger og kredsløbsforstyrrelser kan også være årsagen. Disse problemer forstyrrer mekanismen for indkvartering - tilpasningen af øjnene til klart at fokusere på objekter ved forskellige stigninger i afstanden til dem.
Personen er opmærksom på ændringer i hjernen, og denne lidelse påvirker ikke hans bevidsthed og adfærd. Men der er også ikke-standard manifestationer af alternan IOP syndrom: - det kan forekomme længe før fysisk sygdom; - Opfattelsen af farver vil falde, deres lysstyrke bliver mere subtil; - evnen til at opfatte farver og nuancer vil forsvinde; - tætheden af synet vil falde, hvilket resulterer i sløring, forvrængning af alle linjer, sløret