Το σύνδρομο εναλλακτικής ΕΟΠ εμφανίζεται συνήθως με νόσο του κεντρικού νευρικού συστήματος. Αυτό συμβαίνει λόγω βλάβης στο εγκεφαλικό στέλεχος: τον υποθάλαμο, τη βάση του εγκεφάλου, τη μέση μυελική γέφυρα - και, κατά συνέπεια, μια διαταραχή στη μετάδοση των νευρικών ερεθισμάτων στους οφθαλμικούς μύες. Τραύματα στο κεφάλι, νευρικές παθήσεις, όγκοι, δηλητηρίαση και κυκλοφορικές διαταραχές μπορεί επίσης να είναι η αιτία. Αυτά τα προβλήματα διαταράσσουν τον μηχανισμό προσαρμογής - την προσαρμογή των ματιών να εστιάζουν ξεκάθαρα σε αντικείμενα σε διαφορετικές αυξήσεις στην απόσταση από αυτά.
Το άτομο έχει επίγνωση των αλλαγών στον εγκέφαλο και αυτή η διαταραχή δεν επηρεάζει τη συνείδηση και τη συμπεριφορά του. Υπάρχουν όμως και μη τυπικές εκδηλώσεις του συνδρόμου εναλλακτικής ΕΟΠ: - μπορεί να εμφανιστεί πολύ πριν από τη σωματική ασθένεια. - η αντίληψη των χρωμάτων θα μειωθεί, η φωτεινότητά τους θα γίνει πιο λεπτή. - η ικανότητα αντίληψης χρωμάτων και αποχρώσεων θα εξαφανιστεί. - η πυκνότητα της όρασης θα μειωθεί, με αποτέλεσμα θαμπάδα, παραμόρφωση όλων των γραμμών, θαμπή