Alternatif GİB sendromu genellikle merkezi sinir sistemi hastalığında ortaya çıkar. Bu, beyin sapının hasar görmesi nedeniyle oluşur: hipotalamus, beynin tabanı, orta medüller pons - ve bunun sonucunda sinir uyarılarının göz kaslarına iletilmesindeki bozulma. Kafa yaralanmaları, sinir hastalıkları, tümörler, zehirlenmeler ve dolaşım bozuklukları da neden olabilir. Bu sorunlar, uyum mekanizmasını - gözlerin, nesnelere olan uzaklıklarındaki farklı artışlarla net bir şekilde odaklanacak şekilde uyarlanması - bozar.
Kişi beyindeki değişikliklerin farkındadır ve bu bozukluk onun bilincini ve davranışlarını etkilemez. Ancak alternatif GİB sendromunun standart dışı belirtileri de vardır: - fiziksel hastalıktan çok önce ortaya çıkabilir; - renklerin algısı azalacak, parlaklıkları daha incelikli hale gelecektir; - renkleri ve gölgeleri algılama yeteneği ortadan kalkacak; - Görüş yoğunluğu azalacak, bu da bulanıklığa, tüm çizgilerin bozulmasına, bulanıklığa neden olacaktır