Az alternatív szemnyomás szindróma általában központi idegrendszeri betegség esetén fordul elő. Ez az agytörzs károsodása miatt következik be: a hipotalamusz, az agy alapja, a középső velőhíd - és ennek következtében az idegimpulzusok átvitelének zavara a szemizmokhoz. Fejsérülések, idegbetegségek, daganatok, mérgezések, keringési zavarok is lehetnek az ok. Ezek a problémák megzavarják az akkomodációs mechanizmust - a szemek azon alkalmazkodását, hogy egyértelműen a tárgyakra fókuszáljanak, amelyek távolsága különböző módon nő.
A személy tudatában van az agy változásainak, és ez a rendellenesség nem befolyásolja tudatát és viselkedését. Az alternan IOP szindrómának azonban vannak nem szabványos megnyilvánulásai is: - jóval a testi betegség előtt jelentkezhet; - a színek érzékelése csökken, fényességük finomabb lesz; - eltűnik a színek és árnyalatok érzékelésének képessége; - a látás sűrűsége csökken, ami homályosságot, minden vonal torzulását, elmosódást eredményez