En zygote (fra græsk "zygotos" - konjugeret) er en celle, der dannes som et resultat af foreningen af to kønsceller - en mandlig sædcelle og et hunæg. Processen med at kombinere gameter kaldes befrugtning, og dens resultat er en zygote - det første trin i udviklingen af en ny organisme.
Zygoten indeholder det komplette sæt af genetisk information, der er nødvendig for udviklingen af en ny organisme. Denne information overføres fra forældre og bestemmer alle de fysiske og karakterologiske egenskaber af den fremtidige organisme, såsom øjenfarve, hudtype, modtagelighed for visse sygdomme osv.
Når zygoten først er dannet, begynder den at dele sig og gennemgår en række udviklingsstadier, herunder morula, blastula og gastrula, før den bliver en fuldt dannet organisme. Under denne proces differentierer zygotens celler sig og specialiserer sig til at danne forskellige væv og organer.
Nogle dyr går i dvale, en tilstand af hvile og lavt stofskifte, hvor stofskiftet sænkes, kropstemperaturen falder, og dyret holder op med at spise. Under dvalen er zygoten også i dvale og udvikles ikke, før dyret vågner, og dets stofskifte vender tilbage til normale niveauer.
En zygote er således et vigtigt stadium i udviklingen af en ny organisme, som er dannet som følge af foreningen af kønsceller. Denne celle indeholder al den nødvendige genetiske information til at danne en ny organisme og gennemgår en række udviklingsstadier, før den bliver en fuldt dannet organisme.