Prokaryoter [prokaryota; pro- + gr. karyonkjerne (nøtt)] er det generelle navnet på encellede organismer som har en enkelt, vanligvis ringformet tråd av deoksyribonukleinsyre og ikke har en avgrenset kjerne og mitokondrier. Prokaryoter inkluderer bakterier og blågrønne alger. Prokaryoter skiller seg fra eukaryoter i fravær av en kjerne dannet av en kjernefysisk konvolutt. Deres genetiske materiale er representert av et sirkulært DNA-molekyl og er ikke separert fra cytoplasmaet. Prokaryoter formerer seg ved ganske enkelt å dele cellen i to. Prokaryoter spiller en viktig rolle i syklusen av stoffer i naturen og deltar i dannelsen av symbiotiske forhold med andre organismer. Mange typer prokaryoter brukes av mennesker i industri og landbruk. Studiet av prokaryoter er av stor betydning for medisin, bioteknologi og andre felt.
Prokaryoter er riket av levende ting som inkluderer bakterier og blågrønnalger – encellede organismer uten kjerne, men med eget genetisk materiale. Arkeale og eukaryote celler tilhører også dette riket. Det totale antallet arter er mer enn 2 millioner. Prokaryoter kan være eubakterier eller prokaryote sopp. Eukaryote encellede organismer er de enkleste livsformene. De inkluderer noen arter av alger, flatormer og protozoer som har kontraktile vakuoler eller sentrioler.
Bakterier er prokaryote organismer som har funnet anvendelse i ulike felt av vitenskap og industri. I landbruket brukes de til å produsere matvarer av planterester som surdeig og melkesyre. I medisinen brukes bakterier til å produsere antibiotika og probiotika, samt til å utvikle vaksiner mot farlige sykdommer. Bakterier brukes også i mat-, drikke- og fôrproduksjon