Spontan mutasiya təbii şəraitdə mutagenezin birbaşa səbəbi müəyyən edilmədikdə baş verən mutasiyadır.
Spontan mutasiyalar hətta mutagen amillərə məruz qalmadan da orqanizmlərin hüceyrələrində daim baş verir. Bunlar DNT replikasiyası zamanı səhvlərin, DNT təmir fermentlərinin fəaliyyətindəki səhvlərin, nukleotidlərin spontan kimyəvi çevrilmələrinin və hüceyrədə təbii olaraq baş verən digər proseslərin nəticəsidir.
Kortəbii mutasiyaların tezliyi adətən çox aşağıdır, hər nəsildə gen başına 10^{ -5}-10^{ -8} təşkil edir. Bununla belə, orqanizmin genomunun cəmində spontan mutasiyalar populyasiyalarda əlamətlərin dəyişkənliyinə mühüm töhfə verir.
Spontan mutasiyaların əksəriyyəti orqanizm üçün öldürücü və ya neytraldır. Daha az tez-tez onlar yeni faydalı xüsusiyyətlərin yaranmasına səbəb olur. Bununla belə, spontan mutagenez təbii populyasiyalarda genetik dəyişkənliyin əsas mənbəyi və təkamülün mühüm amili hesab olunur.